Ref oszlopban más DB van megadva. Nem lehet hogy az egyik gépen az egy másik adatbázis, a fejlesztőin pedig egy távoli DB?
"maga a fejlesztői gép is érezhetően lassabb lesz a update kilövése után": akkor ott valami háttértár dolog lesz, valami lassulás. Nincs ott (is) valami network cucc? Helyi gép ez?
"OPTIMIZE TABLE": simán lehet hogy NAGYON sok törölt rekordod volt benne, mert nem drop table hanem delete from-mal ürítetted ki sokszor egymás után. Optimize table előtt ezek csak jelölt törölt sorok, azokon fizikailag át kell mennie. SHOW PROCESSLIST is mutatja, hogy lassan halad az update, mert sok a törölt rekord. A SELECT(1) (select * helyett; ugyanolyan gyors, csak így szebb) is azért lehetett lassú, mert sok benne a törlés.
OPTIMIZE után most rendben fut az UPDATE? Pgsql-nél a vacuum való erre, itt OPTIMIZE (ami innodb esetén =recreate), ami rendbe teszi a dolgokat, néha kell futattni. Én prodban is futtatom rendszeresen, mert jobb hetente futtatni mind évente :)