Az a baj, hogy az "egy alkalmazas - egy mappa" az nagyon nehezen hivhato csomagkezelesnek. Ubuntun is ossze lehet dobni egy olyan appot, ami a /opt/appneve mappaban lakik, fuggosegekkel egyutt, megsem hivjuk ezt csomagnak, illetve csomagkezelesnek, nem veletlenul.
A csomagkezelesnek resze a fuggosegkezeles, a frissithetoseg, a maradektalan eltavolithatosag. Na ez peldaul Macen nincs meg, sok alkalmazas hiaba egy mappaban van, kitesz (akar sziimbolikus linkeket is) a /usr/local ala, a /Library/LaunchDaemons mappaba, vagy mashova fajlokat, mappakat, szimbolikus linkeeket, ami az alkalmazas mappajanak eltorlesevel nem fog eltunni. A csomagkezelesnek ez is egy eleg fontos feladata is, hogy ezeket a kovetelmenyeket teljesiteni tudja, integralni tudja az alkalmazast az operacios rendszerbe.