Azt hiszem megvan a probléma. A gond az, hogy a lefutó szkriptben változókat használok, mert muszáj, és az útvonal is egy változó. Éppen ezért a systemd nem értelmezi.
Tesztnek kiírattam vele egy fájlba a pontos időt. Betette a gyökérbe. Utána pontosan megadtam a felhasználó egyik rejtett almappáját, és oda is betette. Ha a felhasználó ugyanezen mappája egy változóban volt, akkor már nem tette bele.
Vagyis a környezeti változók ugrottak. Úgy tűnik EnvironmentFiles használata lesz a megoldás. De ez egyelőre kínai. S ha jól értelmezem, emiatt a nagy probléma, talán a hordozhatóság lesz.