Workaround. A script 2 éve megy, nagy kiszolgálású SQL. Franc tudja volt-e bug az SQL-ben vagy mi volt az oka, de havi 1-2x ilyen hibával fejreállt bármennyi RAM-ot adtam, neki. A meglévő 8GB után már azt hiszem 20-32-t is kapott a rohadék. Éles környezetben ez azonnal megoldotta a problémát.
Ettól vagy mysql bug javítástól, de 2 éve nincs probléma.