Még selinux is lehet a ludas,ls -Z -vel nem mutat két különböző fájlnevet esetleg?
Vagy apparmor bugot is irnak a neten:
Add the following into /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.named
file:
/var/named/run-root/** rwm,
Aztan apparmor service restart and bind restart próba megint.