Szerintem ennek nem kéne disztró specifikusnak lennie. Minden ilyen igény feltepelíthető egy-egy disztróra. Én valami light-weight disztrót mondanék, mondjuk Arch és azt úgy rakja össze az ember ahogy akarja. A Python-os problémák nagyrészt a rossz helyre mutató symlinkek miatt szokott előfirdulni de azok vígan orvosolhatóak.
Nem tudom a "sok matek" pontosan mit takar én machine learninghez Anaconda + Spider párost használok az elég scientific lehet lefedi a fizikus igényeket is. :)
BTW,
R: R-Studio
Python: Spider, PyCharm
Ahoghy ezek is úgy az egyéb libek is mindenhol megtalálhatóak.