wine alatt a .net és a mono összeakad, ha egyszerre vannak telepítve. Amúgy eddig akárhányszor próbáltam a .net-et kiváltani a mono-val egy-egy alkalmazásnál, egyszer sem sikerült, így az utóbbi időben már nem is próbálkozom.
A winetrick-es .net telepítőt használtad? Mert abban benne vannak egyéb fixek is.