Ha klasszikus Maven projektet csinálsz, akkor annak eleve van egy teszt forrás-foldere. Ha ide teszel JUnit teszteket, akkor az automatikusan lefut a projekt teszjeként. Annyit kell konfigurálni, hogy a pom.xml-ben a teszthez külön fel kell venni a JUnit-ot függőségként (mivel a program "java" részének általában nem függősége a JUnit). Pl itt van, hogy hogy lehet scope-hoz tartozó dependencyt felvenni: http://books.sonatype.com/mvnex-book/reference/customizing-sect-test-sc…
A végrehajtás tudtommal automatikus, semmi pluszt nem kell beállítani hozzá.