Tipp a'la Sherlock: rootként végigcsináltad a make... install procedúrát, és most bármi egyéb júzerként próbálsz futtatni egy, a drivert használó kódot.
Valahol a perl libfában kellene lennie egy mysql.so fájlnak, és valószínűleg az ahhoz vezető út egy vagy több könyvtárába nincs jog belépni, illetve az .so-t olvasni.