A nyílt forrású dolgok azért valamilyen formában előbb-utóbb begyűrűznek a Linux holdudvarába.
Végül is sikerrel jártam; a fenti néhány lépés után a(z Ubuntu 14.04-re) "telepített" NuGet szépen működött:
mono --runtime=v4.0 NuGet.exe install EntityFramework -Version 6.1.1
Installing 'EntityFramework 6.1.1'.
Successfully installed 'EntityFramework 6.1.1'.
(Később rájöttem, hogy a(z Ubuntu 14.04-ben nem alapértelmezett) monodevelop-5 telepítésével (pl. innen) már nem is kell parancssori NuGet-tel küzdeni, mert az beépített része a fejlesztői környezetnek.)