Ebben az esetben a tanácsom haszontalan, de csak a hajónaplónak, meg esetleg gondolatébresztőnek: ha foo_port port-ot saját beállításokkal fordítasz, és esetleg egy olyan csomagot akarsz telepíteni, ami ettől a foo_port-tól függ, akkor automatikusan le akarja szedni a központi FreeBSD repóból a foo_port-ból készített csomagot, mivel "options changed". A repókat a pkg ABC-sorrend alapján rendezi, tehát ha "local"-nak nevezed a repódat, akkor a "FreeBSD" repót hamarabb nézi, és onnan akarja foo_port-ot telepíteni (nyilván ha ott megtalálta - elvileg a lame esetében ez a veszély nem fenyeget).
Szóval ha ezt felül akarod írni (nyilván igen, mivel különben nem használnál saját beállításokat), akkor:
pkg annotate -A foo_port repository local
ahol foo_port a port neve, a local pedig a repository neve, ahonnan telepíttetni akarod.
Viszont egy dolgot azért szem előtt kell tartani: ha a csomag, amelynek foo_port a függősége, és a saját beállításaid olyanok, hogy pont egy olyan beállítást kapcsoltál ki, ami a telepítendő csomagnak kellene, akkor könnyen probléma lészen. Ezt a pkg nyilván nem tudja kezelni, erre neked kell figyelni.
Ld. man pkg-repository => Working with multiple repositories.