> Linux alatt az iptables conntrack-nak is van tudtommal egy hasonló limitációja.
Nincs. A conntrack képes minden kapcsolatnak egyedi connection ID-t adni, és ezek alapján a későbbiekben megkülönböztetni a GRE session-öket akkor is, ha ugyanazon forrás IP-ről mennek ugyanazon cél IP-re.