Amikor xinit-ből el is indul a programod, nem tudod mögé tenni az xset beállításait?
...tehát mondjuk "programod &" és "xset ..." formában, esetleg egy sleep-et közbeiktatva?
Másik oldalról megközelítve, tehát ahogy fent írtam, display managerből:
Az egérkurzor eltüntetése pl. ezzel megoldható: "unclutter -idle 0"
...vagy ha nem is nullát, de néhány másodpercet megadva neki az egérkurzor eltűnik szépen.
...persze shiftet is nyomogathatsz scriptből, de csak el lehet indítani azt az xset-et is...