Az EoIP az egy Mikrotik specifikus nem "szabványos" protokoll, a GRE-re patkoltak rá valamit, alapból nincs a linux kernelben támogatás. Van több féle userspace implementáció, és van kernel módú is.
https://github.com/katuma/eoip
https://github.com/bbonev/eoip
Ha nem két Mikrotik-et vagy egy Mikrotiket és egy Linux-ot akarsz összekapcsolni, nem érdemes használni.
2 linux közé használhatod a fent említett openvpn-t birdge módban, vagy egyéb "szabványosabb" protokollokat pl etherip (rfc3378) vagy l2tpv3 . Ezek viszont nem titkosítanak, szóval kell még egy ipsec is föléjük.
AZ openvpn-t a legkönnyebb beállítani, cserébe userspace-ból megy, szóval, ha fontos a teljesítmény (itt most 200-300Mbps fölöttire kell gondolni), akkor inkább a kernel módú megoldások játszanak.