Thunderbird-ben egyszerűen lehetetlen ezres nagyságrend felett leveleket mozgatni IMAP mappák között (még úgy is, hogy pl. az IMAP szerver azonos gépen futó dovecot). Keress bármilyen más megoldást; csatlakozz alpine-nal vagy valami mással a fiókodhoz és mozgasd azzal a leveleket. A tüneteket jól leírtad; belefagy egy (szemre végtelen) busy loop-ba. (A ciklusmagban lehet, hogy az X-et hajtja; erre még nem figyeltem fel.)
Saccra valami O(n^2) vagy még rosszabb algoritmus vehet részt a levélmozgatásban. Én ezres, kétezres kötegekben szoktam mozgatni, amikor a mappa mérete eléri-meghaladja a tízezres levélszámot.