Igen, végülis az előbb még ráadásul magad ellen is beszéltél, mert fizikai gép esetén van lehetőséged a hardvert is összeválogatni hozzá, míg VPS/Cloud esetén ebbe sincs beleszólásod. :)
A rajta futó szoftver esetében pedig nincs jelentősége, hogy egy köztes független rendszerelemként a biztonsága relatív, mert az mindkét esetben ugyanaz a rendszerelem és mindkét esetben ugyanúgy van lehetőséged azt is biztonságilag fokozni (illetve ha nincs annyi lehetőséged, az megint csak engem igazol, mert a VPS/Cloud esetében erre is kevesebb lehetőséged adódik :).
Annak van jelentősége, hogy egyik esetben LEHET az adatok megszerzése és manipulációja ellen valamennyire védekezni (irreleváns, hogy szerinted mennyire, mert a lényeg az, hogy a lehetőséged meg van rá), másik esetben meg LEHETETLEN, mert nem garantálható a *titok* - amely itt titkosító kulcs formájában jelentkezik - titkossága, titokban maradása.
Ergó felesleges VPS/Cloud esetén a filerendszer titkosításról beszélni, mint szolgáltató hozzáférésének korlátozásáról, mert nem tölti be ezt a szerepét. Nem tudod a szolgáltatódtól megvédeni az adataidat.