Nem tudom sajnos ezekre a kereséssel kapcsolatos kérdésekre a pontos választ.
Valószínűleg azt tudja, amit az IMAP protokoll tud/lehetővé tesz "Server-side search" keretein belül.
El tudom képzelni, hogy ez lefedi a fent említetteket, utána kell olvasni, kipróbálni.
Magukban a fájlokban persze lehet keresni akármit, meg indexelni is lehet őket, kérdés, hogy ez mennyire szép/jó megoldás.
Deduplikációt kétlem, hogy tudna maga Cyrus, hiszen maga az architektúra úgy néz ki, hogy fájlonként tárolja a leveleket.
Azt valami más rétegben lehet csak megoldani szerintem.