A problémák és hiányosságok alapvetően nem a köztes rétegből származnak, hanem egyrészt abból, hogy egy idegen API-nak készül egy 3rd party implementációja. Mert a Wine nem univerzális helyettesítője a Win API-nak, mint ahogy a Mono sem a .Net-nek, pedig utóbbinál ugyanannyi a köztes réteg.